Dzigar Kongtrül Jigme Namgyel nasceu no norte da Índia em 1964. Aos nove anos de idade, perdeu seu pai, o 3º Neten Chokling Rinpoche, quem estabeleceu o campo de refugiados tibetanos em Bir, na Índia. Logo depois da morte do pai, Kyabje Dilgo Khyentse Rinpoche reconheceu Dzigar Kongtrül como a reencarnação do grande Jamgön Kongtrul, reconhecimento este confirmado pelo 16º Karmapa. Dzigar Kongtrül Rinpoche foi entronizado no Chokling Gonpa, em Bir. Seu professor-raiz foi Kyabje Dilgo Khyentse Rinpoche, mas teve também extensa formação sob a orientação de Tulku Urgyen Rinpoche, Nyoshul Khen Rinpoche e Khenpo Rinchen, um grande iogue e erudito.
Em 1989, Dzigar Kongtrül Rinpoche se mudou para os Estados Unidos com sua família e de 1990 a 1995 foi professor de filosofia budista na Universidade Naropa. Pouco depois de sua chegada nos Estados Unidos, fundou Mangala Shri Bhuti, uma organização dedicada ao fomento da prática da linhagem Longchen Nyingtik. Estabeleceu um centro de retiro nas montanhas ao sul do Colorado chamado Longchen Jigme Samten Ling, onde passa a maior parte do tempo em retiro e supervisiona a prática de alunos em retiro extenso. Entre estes está Pema Chödrön, a famosa escritora budista. Sob a orientação de Dzigar Kongtrül Rinpoche, Elizabeth, sua esposa, também se tornou uma professora respeitada. Rinpoche é um pintor abstrato admirável e teve sua obra reproduzida no livro Natural Vitality, juntamente com um ensaio profundo que escreveu sobre a relação entre a arte e a espiritualidade.