Lama Pema Dorje nasceu em 1942 nas margens do rio Ganges em Rishikesh na Índia, em uma família de iogues cujos ancestrais podem ser traçados à linha paternal de Milarepa. Sua primeira fala foram sons sânscritos e mantras. Aos quatro anos foi reconhecido como reencarnação de um mestre indiano realizado e iniciou sua educação budista. Mais tarde, Kyabje Chatrul Rinpoche o reconheceu como uma encarnação do mahasida indiano Padampa Sangye.
Aos dezessete anos, Lama Pema Dorje encontrou seu guru raiz, Kyabje Dudjom Rinpoche, de quem recebeu a transmissão completa da linhagem de Dudjom, assim como outros ensinamentos nyingma. Do mestre butanês Pema Wangchen Rinpoche recebeu ensinamentos de tsalung e tumo, incluindo os cinco ramos e as seis iogas, abrangendo assim todos os aspectos dos ensinamentos externos, internos e secretos.
De Kyabje Dilgo Khyentse Rinpoche recebeu tesouros nyingma além de conselhos e instruções pessoais. De Kyabje Thinley Norbu Rinpoche recebeu a Iniciação das Três Raízes e instruções de Dzogchen de acordo com o texto O Estado Búdico Sem Meditação, de Dudjom Lingpa, e outros textos Ati. Também recebeu transmissões do 16º Karmapa, do 14º Dalai Lama, Kyabje Sakya Trinzen, Taklung Tsetrul Rinpoche e Sakya Chogyed Rinpoche.
Em 1991, Kyabje Dilgo Khyentse o autorizou e encorajou a espalhar o Darma. Mais tarde ele aceitou o convite de Chagdud Tulku Rinpoche para ensinar nos Estados Unidos. Desde então tem ensinado alunos do Brasil, Taiwan, Japão, Tibete, etc.